1935年10月19日生于镇海小港 。1957年毕业于山东大学。历任军事医学院放射医学研究所研究员、博士生导师、所长，军队实验血液学重点实验室主任，军事医学院院长和中华医学会常务理事等职。1993年当选为中国科学院院士。

    在高中学习期间，居里夫人、巴斯德等科学家的传记，《为了生命》等描述科学家奋斗的影片，给吴祖泽以深深的启迪，并使他发奋学习。在高二，他自修完了高三的课程，学年末以同等学历参加全国高校招生统考，并被山东大学化学系录取。所学的物理化学专业，培养了他思考、分析、归纳和解决问题的逻辑思维方法，为以后的研究打下了良好的基础。

    五十年代后期，为了适应我国核能生产和核武器研制的迅速发展，吴祖泽毕业后就参加了军事医学科学院放射医学研究所的建所工作。为了研究任务的需要，吴祖泽经历了专业和研究方向的多次变动。六十年代初，国内放射生物学研究兴起。为了阐明哺乳动物细胞手电离辐射损伤有很高敏感性的机理，很多学者把注意力逐渐集中在脱氧核糖核酸（DNA）上面。为了取得比较天然的核酸样品，吴祖泽和一位技术员长期工作在0～2C°的冷室中，经过反复实验，得出一个新的观点，即DNP中的蛋白质有可能通过能量传递等机理加强对其中DNA的辐射损伤。这一现象在辐射原发机理研究中是有意义的。

    随着放射医学研究的发展与深入，吴祖泽由研究辐射生物化学转向放射病的实验治疗。他的一篇综述《放射损伤中造血干细胞的损伤与恢复》，启动了我国对造血干细胞的研究。1973年，吴祖泽作为首批访英学者在曼彻斯特城的派脱生肿瘤研究所随国际着名血液家Lajtha LG进修细胞动力学。他的第一篇论文《低剂量率γ线连续照射下造血干细胞动力学》在国际放射生物学杂志发表后，取得了很大反响，至今还被国内外文献引用。吴祖泽不仅在我国血液学研究领域首先引入并传播了造血干细胞的理论和技术，还系统研究了造血干细胞的辐射损伤与恢复；合作完成了世界上首例胎肝移植对急性重度骨髓型放射病人的成功治疗；牵头组织了全军造血干细胞移植的协作攻关，推进了国内肝胎移植与自体循环血造血干细胞治疗白血病的临床应用；克隆并测定了中国人高活性粒系集落刺激因子DNA，并实现其高效表达；发现了造血细胞生长因子的发育相关进化以及细胞活性因子与受体间的协同进化规律等。着有《造血细胞动力学概论》，主编《造血干细胞移植基础》、《血液生理》等专着。